解热镇痛药物主要的副作用有胃肠道反应，过敏反应，凝血障碍，头痛,头晕,耳鸣，恶心,呕吐等,甚至出现惊厥和昏迷。其中氨基比林和非那西汀有严重的毒性，易使小儿体内的粒细胞迅速下降，甚至可使小儿有致命的危险。因此这两种药早已被淘汰。但目前尚保留着含有以上两种药物成分的复方解热镇痛药，如去痛片、复方阿司匹林等。尤其是去痛片，其组方极不合理，小儿服用后会给身体造成极大的损害。临床上已有多例小儿服用去痛片致死的报道。

     美国食品药品监督管理局（FDA） 于2007年8月发出警告，禁止将抗感冒和镇咳用的非处方药用于2岁以下婴幼儿，并建议6岁以下的小儿也勿使用，6岁至11岁小儿慎用。除非有专业人员指导。并要求企业修改说明书。FDA 追溯档案记录，发现在1969-2006年9月期间，共有54例小儿因服用含有盐酸伪麻黄碱，盐酸去氧肾上腺素或盐酸麻黄碱的抗感冒药而致死；另有69例因服用含有抗组胺药盐酸苯海拉明，马来酸溴苯那敏或马来酸氯苯那敏（扑尔敏）的抗感冒药而致死，其中大多数为2岁以下的婴幼儿。